\chapter{Introducci\'on}

\section{Motivaci\'on}
\textit{FuDePAN} \textit{(Fundaci\'on para el Desarrollo de la Programaci\'on en \'Acidos Nucleicos}\footnote{www.fudepan.org.ar})  es una ONG la cual realiza investigaciones y desarrollos en bioinform\'atica, aplic\'andola a problemas biol\'ogicos asociados a la salud humana.\\
Dicho de otra forma, utiliza las ciencias de la computaci\'on para hacer simulaciones y c\'alculos para, por ejemplo, mejorar vacunas, mejorar tratamiento contra enfermedades como el VIH, o el virus Jun\'in, desarrollando y utilizando herramientas inform\'aticas y programaci\'on de avanzada.\\

La \textit{Bioinform\'atica}\cite{Bioinformatics} es la investigaci\'on, desarrollo y aplicaci\'on de herramientas computacionales y aproximaciones para la expansi\'on del uso de datos biol\'ogicos, m\'edicos, conductuales o de salud, incluyendo aquellas herramientas que sirvan para adquirir, almacenar, organizar, analizar o visualizar tales datos.
La bioinform\'atica se centra m\'as en el desarrollo de herramientas pr\'acticas para la gesti\'on de datos y el an\'alisis (por ejemplo, la presentaci\'on de informaci\'on gen\'omica y an\'alisis secuencial).\\

\textit{LAV} (\textit{LibAntiVirals}) es un proyecto de \textit{FuDePAN} utilizado en la lucha contra el \textit{VIH}. Este proyecto define estructuras de datos y m\'etodos para la manipulaci\'on de secuencias de nucle\'otidos y antirretrovirales.\\

En la terapia del \textit{VIH}\ref{Virologia}, una de las principales herramientas es la administraci\'on de drogas antirretrovirales que afectan las distintas etapas del ciclo de replicaci\'on del virus. La disponibilidad de numerosas drogas antirretrovirales con diferentes sinergismos entre ellas (ciertas drogas inhiben la acci\'on de otras, mientras que ciertas combinaciones act\'uan en forma complementaria), junto al fen\'omeno de la aparici\'on de cepas del virus resistentes a dichas drogas, hace que sea necesario contar con un modulo en \textit{LAV} que realice una efectiva combinaci\'on de antivirales para cada secuencia de virus, y a partir de un conjunto de antirretrovirales que aplican a una secuencia del virus, obtener las nuevas mutantes que resulten luego de dicha aplicaci\'on.\\
Con este objetivo, se propuso el desarrollo de un modulo, denominado \textbf{biLAV}, que realice una biyecci\'on entre conjuntos de antirretrovirales y secuencias de virus, y de esta forma sumar nuevas funcionalidades que ser\'an \'utiles en el manejo de antivirales para los diferentes proyectos existentes en \textit{FuDePAN} y que utilizan dicha librer\'ia (especialmente, \textit{ASO} \footnote{Optimizador de tratamiento antirretroviral de pacientes HIV Positivos de manera personalizada para ayudar al profesional m\'edico en la toma de decisiones.\\ aso.googlecode.com}, \textit{ViSi} \footnote{Simulador viral de la infecci\'on por \textit{VIH} teniendo en cuenta el sistema inmune.\\ visi.googlecode.com}, \textit{SAARNA} \footnote{Esta aplicaci\'on, pretende recopilar informaci\'on sobre como var\'ia la Energ\'ia Libre en la estructura secundaria del \textit{ARN} viral a medida que los antirretrovirales son aplicados sobre la persona infectada.\\ saarna.googlecode.com}).

\section{Estructura del Documento}

En la Parte \ref{Biologia} (\textit{Marco Biol\'ogico del Problema}) se da una introducci\'on a conceptos de biolog\'ia, virolog\'ia, y se presentan los distintos tipos de antirretrovirales.\\
\begin{itemize}
	\item \textbf{Cap\'itulo 2}: En este cap\'itulo se explican conceptos de \textit{Biolog\'ia}, como: Organismos,  
	                             C\'elulas y Sistema Inmune.
	\item \textbf{Cap\'itulo 3}: En este cap\'itulo se da una clasificaci\'on de los virus y una explicaci\'on sobre 
	                             los retrovirus, por ser \'esta la categor\'ia a la que pertenece el \textit{VIH}. 
	                             Adem\'as se detalla la clasificaci\'on, historia y ciclo vital del 
	                             \textit{VIH (Virus de la Inmunodeficiencia Humana)}.
	\item \textbf{Cap\'itulo 4}: En este cap\'itulo se presentan los Antirretrovirales aprobados por la 
	                             \href{http://www.fda.gov/MedicalDevices/default.htm}{FDA}(\textit{Food and Drugs  
	                              Administration}).
\end{itemize}
En la Parte \ref{Problema} (\textit{Formulaci\'on del Problema}), se detallan los requerimientos que este trabajo tiene y un an\'alisis de los mismos.\\
\begin{itemize}
	\item \textbf{Cap\'itulo 5}: En este cap\'itulo se detallan los requerimientos y restricciones del presente 
	                             trabajo.
	\item \textbf{Cap\'itulo 6}: En este cap\'itulo se hace un an\'alisis detallado de los requerimientos y una  
	                             explicaci\'on de los diferentes temas que que intervienen en este trabajo.
\end{itemize}

En la Parte \ref{Solucion} (\textit{Soluci\'on del Problema}), se detalla la Soluci\'on Propuesta a los requerimientos y como fue dise\~nada e implementada dicha soluci\'on.\\
\begin{itemize}
	\item \textbf{Cap\'itulo 7}: En este cap\'itulo se presenta el dise\~no y la implementaci\'on de la soluci\'on 
	                             propuesta.
\end{itemize}

En la Parte \ref{Resultados} (\textit{Resultados Obtenidos}), se detallan los resultados obtenidos a partir de la soluci\'on del problema.\\
\begin{itemize}
	\item \textbf{Cap\'itulo 8}: En este cap\'itulo se detallan los resultados obtenidos en las diferentes pruebas 
	                             realizadas a la implementaci\'on de la soluci\'on.
	\item \textbf{Cap\'itulo 9}: En este cap\'itulo se ofrece una conclusi\'on del trabajo realizado.
\end{itemize}